In diesem Spin-Off von „Stargate SG-1“ macht sich ein internationales Team von Weltraumspezialisten unter der Leitung von Dr. Elisabeth Weir (Torri Higginson) und Lieutenant Colonel John Sheppard (Joe Flanigan) auf die Reise, die sagenumwobene „verlorene Stadt“ Atlantis zu finden. Die einst von mächtigen Geschöpfen errichtete Stadt befindet sich in der weit entfernten „Pegasus-Galaxie“. Da sich bald herausstellt, dass die notwendige Energie fehlt, wieder zur Erde zurückzukehren, ist die einzige Hoffnung der Wissenschaftler, in dieser Galaxie die nötige Energie und Technologie für eine Rückkehr zu finden.

Gleich auf dem ersten Planeten, den sie auf ihrer Reise besuchen, erwecken sie unabsichtlich einen neuen teuflischen Feind, Geschöpfe names Wraith, die nach Menschenfleisch gieren und sich im Laufe der Serie als gefährlichster Gegner entpuppen, dem sich die Menschheit je gegenüber sah! Glücklicherweise stößt unterwegs auch Teyla Emmagan (Rachel Luttrell) zum Team, die aufgrund ihrer Abstammung aus der Pegasus-Galaxie die Anwesenheit der Wraith fühlen kann und daher zum wichtigen Faktor im Kampf gegen das Böse wird.