Nach der Verhaftung der „ersten Generation“ glaubt BKA-Chef Horst Herold (Bruno Ganz) nicht daran, dass das RAF-Problem nun gelöst sei. Im Gefängnis verweigern die Terroristen aus Protest die Nahrungsaufnahme und gelten in der linken Szene bald als Märtyrer. Vom wochenlangen Hungerstreik geschwächt, stirbt Holger Meins (Stipe Erceg). An seinem Grab bewegt Rudi Dutschkes (Sebastian Blomberg) Parole „Holger, der Kampf geht weiter“ die Gemüter der Sympathisanten. Nach der Ermordung des obersten Berliner Richters besetzt das „Kommando Holger Meins“ die deutsche Botschaft in Stockholm. Doch der Versuch, mit der Erschießung zweier Unschuldiger die RAF-Mitglieder freizupressen, scheitert.
Unter dem Druck der Öffentlichkeit wird die Kerngruppe im Stammheimer Hochsicherheitstrakt zusammengelegt. Während des Prozesses verhöhnen Andreas Baader (Moritz Bleibtreu), Gudrun Ensslin (Johanna Wokalek) und Ulrike Meinhof (Martina Gedeck) gemeinsam das Gericht. Hinter den
Kulissen wird Ulrike Meinhof jedoch als Verräterin angefeindet. Sie hält dem psychischen Druck nicht stand und verübt Selbstmord. In der Öffentlichkeit hält sich das Gerücht einer Hinrichtung. Mit der Ermordung des Generalbundesanwalts Siegfried Buback (Alexander Held) rächt sich das „Kommando Ulrike Meinhof“ an dem vermeintlich Schuldigen.
Nach ihrer Entlassung aus Stammheim organisiert Brigitte Mohnhaupt (Nadja Uhl) die „zweite Generation“, die den politischen Terror radikalisiert. Gemeinsam mit Christian Klar (Daniel Lommatzsch) erschießt sie den Bankier Jürgen Ponto (Hubert Mulzer). Motiviert durch eine Selbstmord-Ankündigung der Stammheimer, versuchen Mohnhaupt und Klar durch die Entführung des Arbeitgeberpräsidenten Hanns Martin Schleyer (Bernd Stegemann), die RAF-Begründer freizupressen. Die Entführung einer Lufthansamaschine und der Selbstmord von Baader, Ensslin und Raspe (Niels Bruno Schmidt) führen zum blutigen Höhepunkt des Deutschen Herbstes. (Text: ARD)
